Sekolah Menegah Sains Pokok Sena telah dibina di satu kawasan di kilometer 20 sebelah kiri jalan utama dari Alor Setar, menghala ke Kuala Nerang, Kedah. Bangunan-bangunan yang didirikan meliputi bangunan pentadbiran, bilik darjah, perpustakaan, makmal sains, bengkel kemahiran hidup, Dewan Sri Angsana, kantin sekolah, asrama putera dan puteri, dewan makan, Surau Al-Fatanah, dan lain-lain dimana semua bangunan-bangunan tersebut terletak di kawasan tanah seluas 50 ekar.
